かつてはキリスト教徒であった長崎宗教奉行の井上筑後守は、当地でキリスト教信者の摘発をしている。密かにキリスト教を奉じる大名・朝長作右衛門、その娘の雪、女中のはつ、信徒の農民たちは捕えられて踏み絵を迫られることを案じているが、信仰を守り通すことを決意している。

ポルトガル人の神父フェレイラは信徒たちに匿われながら、神が厳しい弾圧に対して沈黙していることに疑問を感じている。やがて作右衛門をはじめとする信徒たちは捕らえられ、雪に恋する若い役人・加納源之助も踏み絵を拒否する彼女を庇って捕えられる。彼らの処刑の時が迫るなか、フェレイラは苦渋の末に踏み絵を踏むことを決意する。